Il tuo veterinario ti ha consigliato proprio male e dovrebbe ripassarsi un po' di etologia.
La mamma cagnolina prende i piccoli per la collottola solo nei primissimi giorni di vita e lo fa semplicemente per spostarli, mai per sgridarli. Quindi prendere un cucciolo per il collo e scuoterlo "come farebbe la mamma" è una cavolata, anche se purtroppo è una credenza ancora molto diffusa. La sgridata della madre arriva più avanti, quando i cuccioli sono più autonomi nei movimenti, e avviene tramite ringhi o morsetti leggeri.
Anche la "posizione di sottomissione" che ti hanno suggerito è sbagliatissima e usata fuori contesto. Per come la stai facendo tu, per il tuo cucciolo è una vera e propria aggressione. Quella è una posizione che il cane sceglie di prendere di sua iniziativa quando decide di adottare un segnale di calma. Se sei tu a decidere al posto suo, il messaggio non ha più senso. Immagina questa scena: un passante ti prende le mani all'improvviso, senza preavviso, e ti costringe a metterle in alto. Penseresti subito: "ma chi è 'sto matto? Che vuole da me?", e il tuo dubbio e il tuo fastidio sarebbero più che giustificati. Se invece sei in banca e c'è una rapina, sei tu che alzi le mani per far capire al rapinatore che non farai nulla. In quel caso ti stai sottomettendo per scelta, mentre il tuo cane, con quello che fai tu, si sente esattamente come nella prima situazione.
Quindi rivedi il tuo modo di punire il cucciolo e soprattutto analizza bene perché e quando decidi di sgridarlo. Sono "monellerie" dettate dalla tua interpretazione umana? Forse non hai anticipato bene una situazione o non gli hai spiegato il comportamento che ti aspettavi? Ti sembra davvero una cosa giusta e adatta...?